Die ewige Waffenruhe zwischen unserer Welt und der mystischen Parallelwelt hat ein Ende, als Elfen-Prinz Nuada (Luke Goss) mit seiner Armee bizarrer Kreaturen der Menschheit den Krieg erklärt. Für Hellboy (Ron Perlman) und seine paranormalen Freunde eine willkommene Gelegenheit, scharfe Geschütze aufzufahren, um sich den Schattenwesen in den Weg zu stellen.